1. 2. 2008
S-misie môžu byť ešte nebezpečnejšie než A-misie. Sú špeciálne, dostať ich môžu všetci nindžovia, ale len v kritických situáciách. Napríklad keď nepriateľská dedina zaútočí na inú, tak sa tam vyhlási stav núdze, a aj Geninovia môžu dostať za úlohu zneškodniť nepriateľa.